ذرات جامد معلق عمدتاً شامل فضولات ماهی، غذا های خورده نشده وتجمع موجودات زنده میکروسکوپی است. این ذرات در صورتیکه از محیط دفع نشوند و در حوضچه های پرورش باقی بمانند، اختلاتی از قبیل صدمه زدن به آبششها، اختلال در کار فیلتر زیستی، تولید آمونیاک و سایر گازهای مضر و کاهش اکسیژن را باعث می شوند. در سیستم های متراکم پرورش قزل آلا یکی از عمده ترین عوامل کاهش تولید وجود ذرات جامد معلق عنوان شده است.

در یک سیستم مدار بسته با بار مواد جامد معلق متوسط نیز معمولا میزان این ذرات بیشتر از حد مجاز توصیه شده یعنی 15 میلی گرم در لیتر است. میزان ذرات جامد معلق کل (TSS) به ذراتی که قطری بیش از یک میکرون داشته باشند اطلاق می شود. از نظر شیمیایی این مواد به دو دسته آلی و غیر آلی تقسیم می شوند. مواد آلی در اثر تجزیه باعث کاهش اکسژن آب می شوند. مواد غیر آلی نیز رسوب کرده و باعث نامطلوب شدن محیط زیست ماهی می شوند. از نظر فیزیکی نیز مواد جامد معلق به دو دسته مواد قابل رسوب که قطری بیش از 100 میکرون را دارند و آنهایی که معلق و غیر قابل رسوبند قطری کمتر از 100 میکرون را دارا می باشند، تقسیم می شوند. همچنانکه قطر ذرات کاهش می یابد حذف آنها نیز مشکل تر می شود. حذف دراتی که اندازه کمتر از 10 میکرون دارند یکی از چالش های اساسی تصفیه و باز یافت آب در روشهای مدار بسته پرورش قزل آلا است. در مطالعه ای که در خصوص اثر این مواد بر روی ماهی قزل آلا رنگین کمان انجام شد، نشان داده شد که ذرات معلق با قطری حدود 10-5 میکرون دارای اثرات کشنده برای ماهی قزل آلای رنگین کمان هستند. آسیب رسیدن به برانشی ها و تخریب فیزیکی آنها در غلظت 44 میلی گرم در لیتر مواد جامد معلق گزارش شده است.

تقریباً مواد زائدی که دریک سیستم مدار بسته پرورش ماهی قزل آلا تولید می شود. ناشی از غذایی است که توسط ماهیها به مصرف می رسد. به عنوان مثال اگر غذایی با ضریب تبدیل 1/1 تا 1/2 مورد استفاده قرار گیرد، 80 درصد غذای خورده شده (بر اساس وزن مرطوب) به صورت مایع ( ادرار) جامد (مدفوع) و یا گاز(آمونیاک، دی اکسید کربن) توسط ماهی به محیط پس داده می شود. بیشتر این مواد بصورت ذرات جامد معلق است که به عنوان مدفوع ماهی ها به محیط آب وارد می شود. میزان مدفوع خانواده آزاد ماهیان بین 30-25 % غذای خورده شده بیان شده است.
غذای خورده نشده نیز یکی دیگر از منابع تولید ذرات جامد در آب است. چه در مورد پلت های غذایی که از دسترس ماهی خارج می شوند و چه ذرات غذایی که به صورت گرد غذا وارد آب شده و به وسیله ماهی قزل الا مورد مصرف قرار نمی گیرد. به واسطه ماهیت پلت های غذایی، این مواد به عنوان ذرات جامد در محیط آب قرار می گیرند. تعیین میزان این مواد مشکل است. میزان پرت غذا یا غذای خورده نشده در پرورش ماهی قزل آلا به هنگام استفاده از پلت های خشک 5-1% غذای مرطوب 10-5% و غذای تر 30-10% می باشد. تجمع موجودات میکروسکوپی از دیگر مواد جامد معلق موجود در سیستم های  مدار بسته  محسوب می شود. با کتریها بر روی غذا های نشده یا مواد عالی موجود در تانکها پرورش رشد می کنند. علاوه بر این کف و دیواره حوضچه ها و لوله های آبرسان نیز محل های مناسبی برای رشد باکتریهایی که در حجم آب قرار می گیرند، نیز از دیگر منابع تولید موجودات زنده میکروسکوپی در سیستم های مدار بسته به شمار می آیند.

ذرات جامد معلق که قطری بیش از 100 میکرون دارند، رسوب کرده و به صورت روزانه توسط سیفون کردن از حوضچه های پرورش ماهی تخلیه می شوند. ذراتی که قطر انها کمتر از 100 میکرون است به وسله فیلترهای میکانیکی ریز چشمه موسوم به میکرو فیلتر حذف می شوند. این فیلتر ها معمولا به صورت استوانه های داوری ساخته می شوند که آب و ذرات معلق از روی توری این فیلتر ها عبور کرده و ذرات معلق به وسیله توری جدا شده و آب خارج شده و فاقد ذرات معلق برای طی مراحل بعدی تصفیه مسیر خود را ادامه می دهد .توری نیز به صورت اتوماتیک و با فشار آب شسته می شود وذرات شسته شد به خارج از سیستم هدایت می شود. چشمه های توری اکثر فیلترهای مکانیکی می توانند ذراتی به قطر بیش از 60 میکرون را از آب حذف کنند.

اگر چه توری هایی برای حذف ذراتی با قطر بیش از 40 میکرون نیز طراحی و به کار برده شده اند. اگرچه تنها 2/2% از کل غذای پلت مصرفی توسط ماهی را ذراتی با قطر کمتر از 60 میکرون تشکیل می دهد. ولی حذف مواد جامد معلق که قطری کمتر از 60 میکرون دارند، همچنان به عنوان معضل در سیستم های پرورش ماهی  به روش مداربسته به شمار می روند و حذف مواد جامد معلق ریز با صرف هزینه های زیادی همراه است به عنون مثال فیلترهای متخلخل قادرند که ذرات جامد معلقی با قطر حدود 1 میکرون یا کمتر را هم از آب حذف کنند ولی استفاده از آنها علاوه بر هزینه زیادی، باعث کندی در عبور جریان آب می شود.